L’axe Infections pulmonaires et agents pathogènes regroupe les chercheurs s’intéressant aux bactéries pathogènes (tuberculose, légionellose, Haemophilus, Staphylocoque, Streptocoque, Pseudomonas), aux moisissures causant des infections et des pneumopathies allergiques ainsi qu’aux agents pathogènes viraux (Influenza, Adénovirus, Virus de Sendaï, Virus syncitial respiratoire, Rhinovirus, Coronavirus) pouvant affecter le système respiratoire. Les chercheurs de cet axe s’intéressent également aux interactions entre les pathogènes et l’hôte dans la fibrose kystique, déterminent les meilleures stratégies d’utilisation des antibiotiques pour éviter l’apparition de résistance microbienne et travaillent à l’identification de nouveaux antigènes pour la mise au point de vaccins efficaces.